CRAN fue fundada por Ximena Lleras Puga en 1978, con el nombre de Centro para la Rehabilitación y Adopción del Niño, como institución de protección de la niñez en Colombia con licencia de funcionamiento del Instituto Colombiano de Bienestar Familiar, ICBF.

Inicialmente, la Fundación concentró sus esfuerzos en trabajar con niños y mujeres gestantes que se encontraran en conflicto con su embarazo. A finales de la década de los ochenta, el campo de acción se amplió para trabajar con niños abandonados con problemas de retardo mental leve, creando un programa de educación especial. En 1995, CRAN realiza un proceso de autoevaluación y fortalecimiento institucional, con el apoyo de las fundaciones Restrepo Barco y FES, que produce la reestructuración de los modelos de atención de los programas vigentes: hogar de madres, protección y adopción, y educación especial, a partir de una planeación basada en la perspectiva de los derechos de la infancia.

Las exigencias del contexto social y económico, así como el esquema de planeación adoptado, fueron punto de partida de sucesivos cambios en la organización a través del mejoramiento continuo y la agilización de procesos. De igual forma, el fortalecimiento institucional permitió a CRAN promover y desarrollar iniciativas con otras organizaciones de protección para construir mejores instrumentos de evaluación de la gestión y su impacto. En este contexto, CRAN participa en la conformación y puesta en marcha de la Red de Protección de la Infancia, REDPAI, en 1997.

A partir de 1999, CRAN emprende su consolidación como empresa social, lo que implicó una revisión minuciosa de la misión, la visión, los principios y las políticas de gestión que iban a orientar el trabajo. En las áreas organizacional y administrativa tuvo la asesoría de reconocidas firmas de consultoría como Booz-Allen & Hamilton, Top Managment y Estrategias Corporativas, entre otras. La revisión del modelo de hogar de madres se trabajó conjuntamente con la Fundación Los Pisingos. El modelo de intervención a niños y niñas maltratados tuvo la asesoría de expertos como la Asociación Afecto contra el Maltrato Infantil, Reunir, Cinde y Save the Children, entre otros. Este fortalecimiento también incluyó un plan maestro arquitectónico para readecuar y ampliar las dos sedes de la Fundación, que permite atender más beneficiarios desde 2004.

En la actualidad, CRAN continúa ofreciendo servicios de interés social desde la protección integral de los derechos de la infancia y adolescencia, con énfasis en el desarrollo de alternativas de prevención que contribuyan a la reducción de ambientes frágiles, propicios para la vulneración de dichos derechos.